可以肯定它们之间有密切关系，净化空调系统既要服从建筑总体布局，建筑布局也要符合净化工程空调系统的原则，才能充分发挥相关功能的作用。净化空调的设计者不仅要了解建筑布局以考虑系统的布置，而且要给建筑布局提出要求，使其符合洁净室原理。
一、洁净室的平面布局
洁净室一般包括洁净区、准洁净区和辅助区三部分。
洁净室的平面布置可以有以下几种方式：
1.外廊环绕式：外廊可以有窗和无窗，兼作参观和放置一些设备用，有的在外廊内设值班采暖。外窗必须是双层密封窗。
2.内廊式：洁净室设在外围，而走廊设在内部，这种走廊的洁净度级别一般都较高，甚至和洁净室同级。
3.两端式：洁净区设在一边，另一边设准洁净和辅助用房。
4.核心式：为了节约用地、缩短管线，可以洁净区为核心，上下左右被各种辅助用房和隐蔽管道的空间包围起来，这种方式避开室外气候对洁净区的影响，减少了冷热能耗，利于节能。
二、人身净化路线
为了在操作中尽量减少人活动产生的污染，人员在进入洁净区之前，必须更换洁净服并吹淋、洗澡、消毒。这些措施即“人身净化”简称“人净”。
人净用房中更换洁净服的房间应予送风，并对入口侧等其他房间保持正压，对厕所、淋浴保持少许正压，而厕所、淋浴应保持负压。
三、物料净化路线
各种物件在送入洁净区前必须经过净化处理，简称“物净”。
物料净化路线与人净路线应分开，如果物料与人员只能在同一处进入洁净室，也必须分门而入，物料并先经过粗净化处理。对于生产流水线不强的场合在物料路线中间可设中间库。如果生产流水线很强，则采用直通式物料路线，有时还需要在直通路线中间设多次净化、传递设施。在系统设计上，物净用房的粗净化和精净化阶段由于会吹落很多生微粒，所以相对洁净区应保持负压或零压，如果污染危险性大则对入口方向也要保持负压。
四、管线组织
洁净室的净化工作台管线非常复杂，所以对这些管线均采用隐蔽组织方式。具体隐蔽组织方式有以下几种。
1、技术夹层
（1）顶部技术夹层。在这种夹层内一般因送、回风管的断面最大，故作为夹层内首先考虑的对象。一般将其安排在夹层的最上方，其下安排电气管线。当这种夹层的底板可承受一定重量时，可以在上面设置过滤器及排风设备等。
（2）房间技术夹层。这种方式和只有顶部夹层相比，可以减少夹层的布线与高度，可以省去回风管道返回上夹层所需的技术夹道。在下夹道内还可设回风机动力设备配电等，某层洁净室的上夹道可以兼做上一层的下夹道。
1、技术夹道（墙）
上下夹层内的水平管线一般都要转向为竖向管线，这此竖向管线所在的隐蔽空间即技术夹道。技术夹道还可以放置不宜在洁净室内的一些辅助设备，甚至还可以作为一般回风管道或静压箱，有的可安设光管型散热器。这类技术夹道（墙）由于大多采用轻质隔断，所以当工艺调整时，可方便地进行调整。
4、技术竖井
如果说技术夹道（墙）往往不越层，则需要越层时即用技术竖井，并且经常作为建筑结构的一部分，具有永久性。由于技术竖井把各层串通起来，为了防火，内部管线安装完成后，要在层间用耐火极限不低于楼板的材料封闭，检修工作分层进行，检修门必须设防火门。不论技术夹层、技术夹道还是技术竖井，当直接兼作风道时，其内表面必须按洁净室的内表面的要求处理。
五、机房位置
空调机房最好靠近要求送风量大的洁净室，力求风管的线路最短。但从防止噪声和振动来说又要求把洁净室与机房隔开。这两方面都予以考虑。隔开方式有：
1、构造分离方式。有以下几种：
（1）沉降缝隔开式。使沉降缝在洁净室与机房之间通过，起分割作用。
（2）夹壁墙隔开式。如果机房紧靠洁净室，不是公用一面墙隔墙，而是各自有各自的隔墙，而两面隔墙之间留有一定宽度的夹缝。
（3）辅助室隔开式。在洁净室与机房之间设辅助室，起缓冲作用。
2．分散方式。分以下几种：
（1）屋面上或吊顶上分散方式：现在常把机房设在最上层屋面上的做法，使之远离下面的洁净室，但屋面下一层最好设为辅助或管理室层，或者作为技术夹层。
（2）地下分散式：把机房设于地下室。
3、独立建筑方式。在洁净室建筑之外单独建立机房，但其离洁净室净化工作台最好很近。机房要注意隔振、隔音问题，地面应全部做防水处理，并有排水措施。
隔振：应在振源的风机、电机、水泵等的支架、底座作防振处理，甚至有必要的话将设备安在混凝土板块上，再用防振材料支撑该板块，该板块的重量应为设备总重量的2～3倍，。
隔声：除去系统上安装消声器外，大型机房可考虑在墙壁上贴附有一定吸声性能的材料，要装隔声门，切忌在与洁净区的隔墙上开门。
六、安全疏散
由于洁净室是密闭性很强的建筑，其安全疏散成为非常重要和突出的问题，和净化空调系统设置也有密切关系。一般应注意以下几点：
1、每一生产层防火区或洁净区至少设2个安全出口，只有面积小于50㎡，人员少于5人时，可允许只设一个安全出口。
2、人净入口不应作疏散出口。因为人净路线往往迂回曲折，一旦烟火迷漫，要求人员很快跑到室外是很困难的事。
3、吹淋室不能作为一般出入通道，由于这种门常为两扇联锁或自动，一旦出现故障，非常影响疏散，所以一般均在吹淋室设旁通门，工作人员多于5人时必须设此门。平时工作人员出洁净室时不应走吹淋室而应走旁通门。
4、洁净区内各洁净室的门，考虑到维持室内压力状况的需要，其开设方向要朝向压力大的房间，因为要靠压力把门压紧，这显然和安全疏散的要求相反。为了考虑平时洁净和紧急疏散时的两方面要求，规定洁净区和非洁净区之间的门、洁净区与室外的门作为安全疏散门对待，其开启方向一律朝向疏散方向，当然，单设的安全门也是如此。
