对于需用于高湿度、高温度环境中的净化车间高效过滤器，必须选取耐高温、耐高湿度的滤纸与分隔板、框体材料，以满足生产的要求。生物洁净室和医药无尘车间，必须选用金属框体的过滤器，且其表面要不易生锈，不允许使用木框板的过滤器，以防产生细菌，影响产品的合格率。
对于无尘车间的过滤器，如果净化车间过滤器前后有压差表或压差传感器，则对粗效过滤器，当压差值大于250Pa时，必须加以更换；对中效过滤器，则压差大于330Pa时，必须加以更换；对于亚高效过滤器，则当压差值大于400Pa时，必须加以更换，且原过滤器不可再利用；对于高效过滤器，当过滤器的阻力值大于450Pa时；或当出风面气流速度降到最低限度 ，即使更换粗效、中效过滤器后，气流速度仍不能增大；或当高效过滤器表面出现无法修补的渗漏情况，均须更换新的无尘车间高效过滤器；如没有上述条件，一般可根据使用环境条件情况，1—2年更换一次。
无尘车间为了充分发挥过滤器的作用，在选用和使用过程中，过滤器的迎面风速，粗效、中效过滤器不应大于2.5m/s，亚高效过滤器和高效过滤器不应大于1.5m/s,这样不仅有利于保证过滤器的效率,也能延长过滤器使用寿命,节约成本.在设备运行时,一般不要更换过滤器;如因过滤器已到更换期限而无法停机更换,则只允许在不停风机情况睛更换粗、中效过滤器；亚高效过滤器和高效过滤器必须停止送风后，方可更换；过滤器与连接框架之间的密封垫，必须严密、无泄露，以保证过滤效果。
